這兩種儀器的運用原理都一樣，都是使用近紅外光來進行分析，但是兩者是有比較大差別的。

傅里葉紅外光譜儀一般來說構造比較復雜，價格也稍微昂貴一些。傅里葉近紅外光譜儀的單色器結構主要是邁克爾遜干涉儀，這類型的單色器結構比較復雜，精度也比較高，同時在進行光譜數據處理的時候也充分運用傅里葉變換和反傅里葉變換。因此，這類型的儀器相對于分光光度計類的近紅外精度高，價格也昂貴，如德國布魯克MPA近紅外光譜儀就是傅里葉型的近紅外光譜儀。

 紅外分光光度計的單色器一般都是用光柵進行掃描分光，這部分的結構就比邁克爾遜干涉儀簡單一些了，因此單色器結構也簡單一些，價格方面也比傅里葉型的近紅外分析儀便宜一些。在光譜數據處理方面主要運用求導、平滑、中心化、小波變換、zui小二乘法、偏zui小二乘法等方法進行處理。國內的近紅外分光光度計代表作應該算是上海棱光技術有限公司和中國農業大學聯合研發的S400近紅外農產品品質分析儀，還有S410近紅外分光光度計。便攜式的近紅外分析儀有的運用濾光片模式，也有的也用光柵掃描分光模式。